Zwiebel und Knoblauch schälen, beides fein würfeln. 2 EL Öl in einer Pfanne erhitzen und die Schupfnudeln darin ca. 5 Minuten rundherum anbraten. Herausnehmen, übriges Öl sowie Butter in die Pfanne geben, Zwiebel und Knoblauch darin andünsten. Das Mehl dazugeben und anschwitzen, dann alles unter Rühren mit Gemüsebrühe sowie Milch ablöschen. Den Mix ca. 10 Minuten einköcheln lassen, dabei zwischendurch umrühren.
Den Backofen auf 200 °C Ober-/Unterhitze vorheizen. Eine Auflaufform mit etwas Öl einfetten. Sauerkraut gut abtropfen lassen. Den Bergkäse reiben, 50 g davon in die Soße rühren und darin langsam schmelzen lassen. Dann 2/3 des Schnittlauchs dazugeben und die Soße mit Salz und Pfeffer würzig abschmecken.
Sauerkraut, Schupfnudeln und Leberkäse in die vorbereite Auflaufform geben. Die Soße darübergießen, alles mit übrigem Käse bestreuen und im vorgeheizten Ofen in 20–25 Minuten goldbraun überbacken. Den Auflauf aus dem Ofen nehmen, mit dem restlichen Schnittlauch bestreuen und servieren.